Al inicio de la década del 90 del siglo pasado, el malestar entre los campesinos y los productores agrícolas era evidente debido al drástico cambio –impulsado por el presidente Carlos Salinas de Gortari– en las políticas públicas hacia el campo. En ese momento, era claro que el gobierno federal buscaba transitar del modelo de desarrollo estabilizador, implementado en las décadas anteriores, hacia un modelo de apertura comercial que ponía en entredicho a la pequeña economía agrícola nacional.

Esos cambios abarcaban el conjunto de las esferas del sector productivo agrícola. Algunas de las modificaciones fueron: la apertura comercial, el fin del reparto agrario, la división de la sociedad rural en nuevas categorías socio-profesionales cuya finalidad era la aplicación de políticas públicas “focalizadas” (“productores ineficientes” –los campesinos pobres–, “productores en transición” y “productores mercantiles”), los nuevos mecanismos para la fijación de los precios agrícolas, y la transformación de las mismas organizaciones campesinas y de los productores del sector privado.
Inevitablemente, los estudiosos del campo, tanto al interior de la sociedad civil como entre los académicos, vivieron esos cambios con mucha preocupación y buscaron entender no solamente los efectos planteados por los programas gubernamentales (las “buenas intenciones”), sino también los efectos

“no previstos” pero inevitables, tanto en la producción como en las formas de vida de los diferentes sectores agrícolas del campo.

Es en ese contexto que se organizó el “Seminario Internacional Nuevos Procesos Rurales en México. Teorías, Estudios de Caso y Perspectivas”, que se llevó a cabo en Taxco, Guerrero, del 30 de mayo al 3 de junio de 1994, con la participación de 160 investigadores. El evento fue fructífero (se publicaron cuatro libros con los mejores trabajos presentados), además de que permitió plantear, en su sesión de clausura, la necesidad de crear una red de estudios rurales para fomentar una reflexión colectiva a nivel nacional, en el marco de un mundo cada vez más dinámico. En 1998, en el marco de su segundo congreso nacional en la ciudad de Querétaro, esta red se transformó en la Asociación Mexicana de Estudios Rurales A. C. (AMER A. C.). En ese mismo congreso se instituyeron los premios a la mejor investigación sobre el campo mexicano, en tres categorías: Tesis de Licenciatura, Tesis de Maestría y Tesis de Doctorado. Para fomentar la vinculación entre la investigación y los actores sociales, se instituyó también la realización de mesas de trabajo con actores sociales y promotores de proyectos de desarrollo social en comunidades rurales. Esas sesiones se conocen como “la voz de los actores”. Para complementar este esfuerzo de vinculación social, en su congreso de San Cristóbal de las Casas llevado a cabo en 2009, se constituyó el premio a la mejor experiencia en desarrollo rural sustentable.
En 2003, la AMER ingresó en el Registro Nacional de Instituciones y Empresas Científicas y Tecnológicas (Reniecyt) del Consejo Nacional de Ciencias y Tecnologías (Conacyt). Desde el año 2012, tiene su sede en el Instituto de Investigaciones Sociales (IIS) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM).